医学院前身为创办于1950年的扬州卫生学校和创办于1929年的上海私立惠生高级助产职业学校（该校1952年迁至扬州转为公办与扬州卫校合并），2003年开办全日制普通专科相关医学教育，已有近90年办学历史。目前开办护理、助产、医学检验技术、药学、中药学、康复治疗技术等医学相关专业，在校生近1997名。医学院现有教职工76名，专任教师68名，其中教授3名，副教授21名，博士10名。江苏省“333高层次人才培养对象”2名，江苏省青蓝工程中青年学术带头人1名，江苏省青蓝工程青年骨干教师4名，江苏省五一能手2名，江苏省科技副总4名，扬州市英才培养对象2名，师资力量雄厚，配备合理。

医学院一贯重视学生职业能力和职业素质的培养，在校内外建立了一大批工学结合、教学做一体化的教学场所和仿真教学基地。基础医学实训中心建有人体解剖学实验实训区、形态学实训区(含组织胚胎学、病理解剖学、微生物学、寄生虫学、免疫学等实验实训室)和机能学实训区（含人体生理学、药理学、病理生理学等实验实训室）；护理实训中心建有内科学及内科护理、外科学及外科护理、妇产科学及妇产护理、儿科学及儿科护理、外科手术室、模拟病区、产房、婴儿室等实训室；检验实验实训中心建有微生物检验、生物化学检验、免疫学检验、临床检验、血液学检验、生物化学、空气理化检测、水质理化检测、食品理化检测等实训室；药学实训中心建有无机化学、有机化学、分析化学、仪器分析、药物化学、药物分析、药剂学、生药学等实验实训室；康复实训中心建有运动治疗实训室、作业治疗实训室、言语治疗实训室、物理因子治疗实训室、心理咨询实训室、康复工程实训室等。在校外建立了以徐州医学院附属医院、南京军区总院、解放军117医院、苏北人民医院、盐城市人民医院、扬州市第一人民医院、泰州市人民医院、镇江市江滨医院、南通市中医院、扬州市康复医院、镇江第二人民医院等大型医疗卫生机构及扬州联环药业股份有限公司、扬州国药集团、扬州大德生连锁药店等医药生产和销售企业为主的稳定教学实习实训基地共40多个，在北京、上海、广州、深圳等发达城市还将建立10多个稳定的实习实训基地，为学生职业能力的培养提供了有力的保障，这些教学和实训基地同时也成为学生的就业基地。

医学院始终以教学为中心，以培养高素质创新型技能型现代医学技术人才为办学宗旨，坚持“绿色教育的育人理念”、坚持“育人为本，德育为先，特色办学，协调发展”的指导思想，以“从严治院，质量立院，特色兴院”为基本策略、以“促进学生知识、能力、素质协调发展”为基本要求，扎实开展育人工程。积极开展人才培养模式的改革创新，构建了Imitation——校内模拟、Cooperation——校企合作（学校与医疗卫生机构、学校与医药生产企业、学校与医药营销企业等紧密合作）、work——企业工作（在医疗卫生机构、医药生产企业、医药营销企业顶岗工作实习），融理论与实践为一体的新型工学结合人才培养模式——“ICW”人才培养模式，实现专业教育与职业岗位的无缝对接，使学生毕业后能迅速适应和胜任岗位工作。